{
  "version": "1.0",
  "normalized": false,
  "dataset_id": "local_dataset",
  "name": "combined_output",
  "type": "merscope",
  "genes": [
    "Meis2",
    "Neurod6",
    "Nr2f2",
    "Mef2c",
    "Nfib",
    "Nfix",
    "Zeb2",
    "Tcf7l2",
    "Id4",
    "Zic1",
    "Neurod2",
    "Sox5",
    "Tbr1",
    "Bhlhe22",
    "Nr2f1",
    "Foxg1",
    "Bcl11b",
    "Sox2",
    "Satb1",
    "Pou3f3",
    "Zic2",
    "Nr4a3",
    "Dlx1",
    "Etv5",
    "Arx",
    "Satb2",
    "Jun",
    "Tox",
    "Rxrg",
    "Tshz2",
    "Tfap2b",
    "Pbx3",
    "Nr4a2",
    "Isl1",
    "Tfap2d",
    "Zfhx3",
    "Zfp521",
    "Foxp2",
    "Nhlh2",
    "Lhx2",
    "Zhx2",
    "Pax6",
    "Olig1",
    "Shox2",
    "Lhx6",
    "Tox3",
    "Zfhx4",
    "Prox1",
    "Meis1",
    "Gbx2",
    "En1",
    "Eomes",
    "Olig2",
    "Etv1",
    "Fosl2",
    "Sall3",
    "Insm1",
    "Sp9",
    "Foxp4",
    "Zfp536",
    "Plagl1",
    "Irx2",
    "St18",
    "Sox21",
    "Tox2",
    "Rarb",
    "Ets1",
    "Otx2",
    "Sox6",
    "Lef1",
    "Zbtb16",
    "Irx1",
    "En2",
    "Nr3c2",
    "Sp8",
    "Tfap2a",
    "Bcl6",
    "Lhx1",
    "Nr2e1",
    "Hoxa5",
    "Uncx",
    "Pax3",
    "Gata3",
    "Dlx2",
    "Otp",
    "Six3",
    "Lhx5",
    "Ebf2",
    "Prdm13",
    "Irx5",
    "Onecut1",
    "Msx1",
    "Barhl1",
    "Sox10",
    "Sp5",
    "Gata2",
    "Neurog2",
    "Tal1",
    "Pou4f2",
    "Nkx2-2",
    "Tfap2c",
    "Nkx2-1",
    "Bnc2",
    "Lmx1b",
    "Ikzf1",
    "Thrb",
    "Foxb1",
    "Prdm16",
    "Sim1",
    "Dmbx1",
    "Onecut3",
    "Fezf1",
    "Glis3",
    "Irx3",
    "Dbx2",
    "Pax7",
    "Nkx2-4",
    "Lmx1a",
    "Hoxc4",
    "Six6",
    "Nhlh1",
    "Prdm12",
    "Pax8",
    "Tlx3",
    "Gbx1",
    "Pax2",
    "Atoh1",
    "Mkx",
    "Sox14",
    "Insm2",
    "Foxa1",
    "Pitx2",
    "Nr5a2",
    "Evx2",
    "Hmx3",
    "Hoxc5",
    "Nkx6-2",
    "Runx2",
    "Barx2",
    "Foxd3",
    "Hmx2",
    "Prdm6",
    "Hoxb6",
    "Lhx8",
    "Lhx3",
    "Lhx4",
    "Cux2",
    "Fezf2",
    "Mafa",
    "Phox2b",
    "Rax",
    "Tbx20",
    "Ascl1",
    "Slc18a3",
    "Slc6a3",
    "Slc6a4",
    "Slc6a5",
    "Slc32a1",
    "Slc17a6",
    "Slc17a7",
    "Slc17a8",
    "Slc6a2",
    "Cacng4",
    "Gja1",
    "Gabbr2",
    "Sst",
    "Nts",
    "Grin2b",
    "Cck",
    "Penk",
    "Kcnma1",
    "Cbln2",
    "Grik3",
    "Adgrg1",
    "Cnr1",
    "Adgrl3",
    "Cbln1",
    "Fxyd7",
    "Fzd1",
    "Cxcr4",
    "Gpr17",
    "Nxph4",
    "Slc24a2",
    "Igf1",
    "Kcnb2",
    "Sstr2",
    "Prokr2",
    "Chrm3",
    "Lpar1",
    "Kcnj6",
    "Kcnc4",
    "Kcnj2",
    "Cacng5",
    "Htr7",
    "Grm1",
    "Npy1r",
    "Kcnn2",
    "Tacr3",
    "Trpc4",
    "Kcnh5",
    "Ackr3",
    "Adcyap1",
    "Agt",
    "Grik4",
    "Grp",
    "Kcnh1",
    "Hcrtr2",
    "Nxph2",
    "Stmn3",
    "Crmp1",
    "Dcx",
    "Vim",
    "Slc1a3",
    "Ppp1r1b",
    "Islr2",
    "Fn1",
    "Prkcb",
    "Serpine2",
    "Olfm3",
    "Robo2",
    "Efnb2",
    "Shisa6",
    "Ntrk2",
    "Sparc",
    "Ephb1",
    "Tnc",
    "Ccnd2",
    "Dtx1",
    "Nrp1",
    "Aldoc",
    "Shtn1",
    "Ptprn2",
    "Vstm2l",
    "Pla2g7",
    "Klhl13",
    "Fat4",
    "Pou3f2",
    "Fat1",
    "Zfp462",
    "Pcdh10",
    "Dusp4",
    "Sema3a",
    "Luzp2",
    "Calb2",
    "H19",
    "Cdh4",
    "Dab1",
    "Lmo3",
    "Runx1t1",
    "Mpped2",
    "Mpped1",
    "Hs6st2",
    "Gng4",
    "Gad2",
    "Nrgn",
    "Hs6st3",
    "Resp18",
    "Ptprt",
    "Nrp2",
    "Cldn5",
    "Ralyl",
    "Vat1l",
    "Sema3c",
    "Slc4a4",
    "Spon1",
    "Mdk",
    "Ptgds",
    "Gad1",
    "Nrcam",
    "Sla",
    "Cxxc5",
    "Dpy19l1",
    "Sez6l",
    "Nefm",
    "Camk1",
    "Pde1a",
    "Abca1",
    "Cachd1",
    "Cd9",
    "Cdh8",
    "Pcdh11x",
    "Aldh1l1",
    "Igsf21",
    "Efna5",
    "Dkk3",
    "Nrn1",
    "Mki67",
    "Pdgfra",
    "Crym",
    "Dach1",
    "Clstn2",
    "Pcdh8",
    "Tbc1d30",
    "Lhfpl3",
    "Spock3",
    "Gda",
    "AI593442",
    "Prmt8",
    "Pcsk2",
    "Nos1",
    "Pid1",
    "Ntng2",
    "Thsd7a",
    "Rgs10",
    "Nell1",
    "Tnr",
    "Unc5c",
    "Tgfb2",
    "Rgs8",
    "Lamc1",
    "Cntnap4",
    "Tspan9",
    "Dok5",
    "Peg10",
    "St6galnac5",
    "Sox2ot",
    "Shisa9",
    "Spats2l",
    "Adamts3",
    "Cdh12",
    "Mab21l1",
    "Unc13c",
    "Gpc4",
    "Sulf1",
    "Elmo1",
    "Brinp3",
    "Rprm",
    "Tspan18",
    "Ildr2",
    "Mlc1",
    "Tppp3",
    "Mir100hg",
    "Wnt7b",
    "Mdga1",
    "Cpne4",
    "B230209E15Rik",
    "Chd7",
    "Cadps2",
    "Dusp6",
    "Smoc1",
    "Ccna2",
    "Lifr",
    "Tafa2",
    "Tmem163",
    "Arhgap29",
    "Hist1h1d",
    "Ntng1",
    "Tmem164",
    "Samd5",
    "Lrrtm3",
    "Dscaml1",
    "Sfrp2",
    "Pdzrn3",
    "Creg2",
    "Fam210b",
    "Gpc3",
    "Dock4",
    "Plce1",
    "Cyb561",
    "Rftn1",
    "Sema5a",
    "Jam2",
    "Kirrel3",
    "Pcbd1",
    "Tafa1",
    "Egfr",
    "Fbln2",
    "Kcnk9",
    "Kif11",
    "Pmepa1",
    "Dio2",
    "Tmem132d",
    "Igsf11",
    "Sorcs3",
    "Mcm3",
    "Galnt17",
    "Slc2a13",
    "Tmem200a",
    "Myorg",
    "Phlda1",
    "9130024F11Rik",
    "Vstm2b",
    "Fam135b",
    "Tiam2",
    "Palmd",
    "Fhit",
    "Sdk1",
    "Ccdc80",
    "Cntn3",
    "Pde1c",
    "Cdh9",
    "Pclaf",
    "Lhfp",
    "Tmtc1",
    "Lpl",
    "Lmo1",
    "Dgkg",
    "Slc43a2",
    "Fgfr1",
    "Asb4",
    "Nbl1",
    "Kctd8",
    "Iqgap2",
    "C1qa",
    "Zmat4",
    "Synpr",
    "Slco1c1",
    "Lypd6",
    "Dll1",
    "Galnt14",
    "Rgs6",
    "Rspo3",
    "Mlf1",
    "Fam107a",
    "Angpt1",
    "Pdlim4",
    "Sncg",
    "Thbs1",
    "Prss12",
    "Inhbb",
    "Ptchd4",
    "Rprml",
    "C1qc",
    "C1ql3",
    "Cep112",
    "Utrn",
    "Rai14",
    "Col25a1",
    "Hs3st2",
    "Naaa",
    "Gas2l3",
    "Laptm5",
    "Parm1",
    "Met",
    "Slit3",
    "Col18a1",
    "Ostf1",
    "Thsd7b",
    "Cenpf",
    "Gpc6",
    "Ptpru",
    "Cspg4",
    "Slitrk6",
    "Hmmr",
    "Mgat4c",
    "Fibcd1",
    "Syndig1",
    "Sdk2",
    "Inhba",
    "Ung",
    "C1ql1",
    "Cdca3",
    "Eya2",
    "Prr16",
    "Ecrg4",
    "Adamtsl3",
    "C230072F16Rik",
    "Thrsp",
    "Rxfp1",
    "Pld5",
    "Tshr",
    "Dpyd",
    "Hs3st3a1",
    "Arhgap6",
    "Lhx9",
    "Frem2",
    "Spp1",
    "Tbx3",
    "Il1rapl2",
    "Slc26a4",
    "Rerg",
    "Vsx2",
    "Nkx6-1",
    "Syt6",
    "Pde7b",
    "C1qb",
    "Ccn3",
    "Ccnb1",
    "Rassf4",
    "Cald1",
    "Cdc20",
    "Pxdc1",
    "Irs4",
    "Nrsn2",
    "Dhrs3",
    "Bmp7",
    "Cenpa",
    "Ecel1",
    "Cdh20",
    "Slc29a1",
    "Vav3",
    "Rnf112",
    "Adcy8",
    "Htra1",
    "Ndst4",
    "Cdca2",
    "Crb2",
    "Abtb2",
    "Pde5a",
    "Ankfn1",
    "Blank-0",
    "Blank-1",
    "Blank-2",
    "Blank-3",
    "Blank-4",
    "Blank-5",
    "Blank-6",
    "Blank-7",
    "Blank-8",
    "Blank-9",
    "Blank-10",
    "Blank-11",
    "Blank-12",
    "Blank-13",
    "Blank-14",
    "Blank-15",
    "Blank-16",
    "Blank-17",
    "Blank-18",
    "Blank-19",
    "Blank-20",
    "Blank-21",
    "Blank-22",
    "Blank-23",
    "Blank-24",
    "Blank-25",
    "Blank-26",
    "Blank-27",
    "Blank-28",
    "Blank-29",
    "Blank-30",
    "Blank-31",
    "Blank-32",
    "Blank-33",
    "Blank-34",
    "Blank-35",
    "Blank-36",
    "Blank-37",
    "Blank-38",
    "Blank-39",
    "Blank-40",
    "Blank-41",
    "Blank-42",
    "Blank-43",
    "Blank-44",
    "Blank-45",
    "Blank-46",
    "Blank-47",
    "Blank-48",
    "Blank-49"
  ],
  "statistics": {
    "total_cells": 6198110,
    "total_genes": 550,
    "spatial_dimensions": 2,
    "available_embeddings": [],
    "cluster_count": 14
  },
  "processing": {
    "spatial_scaling_factor": 1.0,
    "chunk_size": 1,
    "num_chunks": 550,
    "created_by": "process_spatial_data.py"
  },
  "files": {
    "coordinates": [
      "spatial"
    ],
    "expression_chunks": 550,
    "observation_columns": [
      "_sample_id",
      "fov",
      "_source_file",
      "class_name",
      "volume",
      "PolyT_high_pass",
      "DAPI_high_pass",
      "solidity",
      "class_label",
      "min_x",
      "subclass_name",
      "max_x",
      "perimeter_area_ratio",
      "PolyT_raw",
      "DAPI_raw",
      "anisotropy",
      "subclass_label",
      "supertype_name",
      "max_y",
      "min_y",
      "transcript_count",
      "cluster_name",
      "supertype_label",
      "class_bootstrapping_probability",
      "cluster_label",
      "supertype_bootstrapping_probability",
      "subclass_bootstrapping_probability",
      "cluster_alias",
      "cluster_bootstrapping_probability"
    ],
    "de_stats": [
      "_sample_id",
      "fov",
      "_source_file",
      "class_name",
      "class_label",
      "subclass_name",
      "subclass_label",
      "supertype_name",
      "transcript_count",
      "cluster_name",
      "supertype_label",
      "cluster_label",
      "supertype_bootstrapping_probability",
      "cluster_alias"
    ]
  }
}